При Ученом совете Института организован Координационный совет - постоянно действующий консультативный орган, в задачи которого входит координационно-консультативное сопровождение научной и научно-организационной деятельности Института и его развития, прогнозирование результатов исследований, экспертиза научных трудов (в соответствии с Положением о координационном совете).
Председателем Координационного совета является академик РАО Ткаченко Евгений Викторович. В состав координационного совета входят ведущие ученые страны, академики и члены-корреспонденты Российской академии образования.
Структура Координационного совета представлена секторами, направленность которых определяется приоритетностью стратегических задач, решаемых Институтом. Оперативное руководство координационным советом осуществляет его бюро, возглавляемое Председателем координационного совета. В состав бюро входят заместители Председателя координационного совета и руководители секторов.
К работе Координационного совета по подготовке и рассмотрению материалов, относящихся к его компетенции, привлекаютсятакже сторонние научные и другие организации, а также отдельные ученые и специалисты в области педагогики и образования.
